I. Проекти, финансирани само от бюджетната субсидия на БАН
2009-продължава Проучване, оценка и опазване на фаунистичното разнообразие на безгръбначните животни. Ръководител: ст. н. с. З. Хубенов; участници: ст. н. с. Х. Делчев, н. с. Д. Добрев, н. с. Т. Любомиров, н. с. Е. Кондева, н. с. д-р М. Лангуров, н. с. д-р С. Лазаров, Д. Чобанов, И. Кръстева, Е. Хаджиолова
2009-продължава Дигитализиране на научното богатство в колекциите на Института по зоология и изграждане на единна база данни. Ръководител: н. с. I ст. д-р Т. Любомиров; участници: И. Кръстева, Е. Хаджиолова
2007-2009 Сравнително-екологични, популационно-биологични и еволюционни изследвания на гръбначни животни в естествени и в различна степен антропогенно повлияни екосистеми. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн Г. Марков; участници: ст. н. с. І ст. дбн Д. Нанкинов, ст. н. с. І ст. дбн П. Генов, ст. н. с. д-р Н. Атанасов, ст. н. с. д-р Р. Мечева, ст. н. с. д-р Ц. Часовникарова, н. с. д-р Б. Николов, н. с. д-р С. Далакчиева, н. с. д-р М. Недялкова, М. Кочева, Й. Кошев, М. Господинова, Е. Михайлова
2007-2009 Екологични изследвания на редки и застрашени от изчезване видове животни. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн Д. Нанкинов; участници: н. с. д-р Б. Николов, н. с. д-р С. Далакчиева
2007-2009 Изследвания върху съобщества от птици в различни типове Местообитания. Ръководител: ст. н. с. д-р Б. Иванов; участници: Н. Караиванов, н. с. д-р П. Зехтинджиев, н. с. д-р М. Илиева
2007-2009 Ролята на Балканския полуостров в Палеарктико-африканската миграционна система: количествена оценка на пространственото и времево разпределение на нощната миграция. Ръководител: н. с. I ст. д-р П. Зехтинджиев; участници: н. с. д-р М. Илиева, докторант Д. Димитров
2007-2009 Пространствена структура и биоразнообразие на зооценози в райони с природозащитно значение в България. Ръководител: ст. н. с. д-р Васил Попов; участници: докторант С. Зидарова, И. Кръстева
2005-2015 Еволюция и палеоекология на бозайниците през плиоцена и кватернера в България. Ръководител: ст. н. с. д-р Васил Попов, участници: докторант С. Зидарова, И. Кръстева
2007-2009 Сравнително-кариологични изследвания на дребни бозайници с дизюнктивни ареали в България. Ръководител: ст. н. с. д-р Н. Атанасов; участници: ст. н. с. д-р Ц. Часовникарова, E. Михайлова
2009-2011 Цитоморфологични, цитогенетични, молекулярно-генетични и еколого-физиологични изследвания върху мониторни видове животни в природни популации и в eкспериментални условия. Ръководител: ст. н. с. д-р М. Топашка; участници: докторант Ц. Герасимова, н. с. д-р К. Димитров, 1 от ИЕМА, БАН, 1 от ИЯИЯЕ, БАН
2007-продължава Влияние на биологично-активни вещества върху морфологични, пролиферативни и кариологични характеристики на нормални клетки in vitro и in vivo при експериментални животни. Ръководител: ст. н. с. д-р М. Топашка; участници: докторант Ц. Герасимова, н. с. д-р К. Димитров, 2 ФФ на МУ, 1 МФ на СУ
2006-2009 Епибионти по правите сладководни раци (Crustacea: Decapoda). Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев
1997-продължава Изменение на сладководни екосистеми, повлияни в различна степен от човешка дейност. Ръководител: ст. н. с. д-р Р. Калчев; участници: ст. н. с. д-р И. Пандурски, ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р М. Бешкова, н. с. д-р С. Стойчев, н. с. д-р А. Апостолу, Т. Тричкова, Я. Пресолска, В. Тюфекчиева, Б. Велков, И. Ботев, В. Евтимова, В. Ненова, Р. Цветкова, Л. Цветков, Х. Калчева
II. Проекти, финансирани по договори с Фонд 'Научни изследвания' (ФНИ)
2005-2009 Екология и диапауза на избрани насекоми (Cynegetis impunctata, Hippoamia variegata - Coleoptera, Coccinellidae; Oxycarenus lavaterae - Heteroptera, Lygaeidae). Ръководител: ст. н. с. д-р П. Калушков; участници: ст. н. с. д-р Х. Делчев, Р. Цанкова, Е. Чехларов, 1 НПНМ , Н. Кубетски (Б-1508/05)
2005-2009 Биология и екология на инвазивни видове попчета (сем. Gobiidae, Pisces) в Долен и Среден Дунав. Ръководител: ст. н. с. д-р М. Василев; участници: н. с. д-р А. Апостолу, Т. Тричкова (Б-1510/05)
2005-2009 Биоразнообразие и популационно-биологичен анализ на дребни бозайници (Rodentia) - вредители и защитени видове в агроекосистеми в Североизточна България. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн Г. Марков; участници: М. Господинова, М. Кочева, Е. Михайлова,1ЦЛОЕ, 1ЛТУ (Б-1513/05)
2005-2009 Проучване на кръвните едноклетъчни паразити на мигриращите птици и използване на паразитологични данни в изследванията върху миграцията на птиците. Ръководител: н. с. д-р П. Шурулинков; участници: акад. В. Големански, докторант Д. Димитров, 1 Израел (Б-1518/05)
2005-2009 Прелет на птици далечни мигранти от разред Passeriformes в района на Северното Черноморие. Ръководител: ст. н. с. д-р Б.Иванов; участници: н. с. д-р П. Зехтинджиев, н. с. д-р М. Илиева (Б-1528/05)
2005-2009 Генетико-биохимични, морфологични и биологични особености на популациите на сребристата каракуда, Carassius gibelio (Bloch, 1782), в Български водоеми. Ръководител: биол. Т. Тричкова; участници: ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р А. Апостолу, 1 НПНМ-БАН (Б-1536/05)
2006-2009 Хромозомната изменчивост при моделни видове насекоми от разред Diptera и Heteroptera - качествен критерий за видова диференциация и оценка на водни екосистеми. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн П. Михайлова; участници: ст. н. с. IІ ст. д-р С. Грозева, д-р Ю. Илкова (ТК-Б-1601/06)
2006-2009 Влияние на пасищното животновъдство върху биологичното разнообразие и екологичните характеристики на моделни групи животни. Ръководител: биолог Й. Кошев; участници: Е. Чехларов, Ц. Герасимова, 1 ЦЛОЕ, 1 ЛТУ-3 докторанти (МУ-Б-1604/06)
2008-2009 Тестове за алергенност и токсичност при трансгенни растения, предназначени за медицински цели. Ръководител: акад. А. Атанасов, Агробиоинститут, гр. София; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Н. Атанасов, ст. н. с. д-р Ц. Часовникарова (CC-1614/06)
2006-2009 Сравнителни биологични и мониторингови изследвания на пингвините папуа (Pygoscelis papua) с цел съхранението им като биоресурс. Ръководител: ст. н. с. д-р Р. Мечева; участници: н. с. д-р K. Димитров, н. с. д-р М. Недялкова, н. с. д-р П. Зехтинджиев, акад.дбн Васил Големански, 1ИБ, 1 ИМ, Пловдив, 1 Ант.И-т, 1 Нац. Унив. Киев (ТК-Б-1615/06)
2007-2009 Инвентаризация и оценка на състоянието на рибните популации във вътрешни водни басейни в България. Ръководител: ст. н. с. д-р М. Василев; участници: Т. Тричкова, н. с. д-р А. Апостолу, Б. Велков, 1 НПНМ, 2 ЦЛОЕ, 2 БФ-СУ (ИфС-Б-608/07)
2009-1012 Черноморските попчета (Gobiidae) - биологичен ресурс с недооценено експлоатационно и консервационно значение. Ръководител: ст. н. с. д-р М. Василев; участници: Т. Тричкова, н. с. д-р А. Апостолу, Б. Велков, н. с. д-р Д. Добрев, 1 НПНМ, 2 ЦЛОЕ, 3 ИРР-Варна (ДО 02-201/08)
2009-2011 Разработка и оптимизиране на феромонни и флорални примамки и тяхното използване за изучаване на екологията и биоразнообразието на насекоми. ст. н. с. I ст. Ръководител: дбн M. Събчев; участници: н. с. д-р T. Toшoвa (ДO 02-244/08)
2008-2011 Биоразнообразие и биология на ентомопатогени на стопанско значими видове горски насекомни вредители в България. Ръководител: ст. н. с. д-р Д. Пиларска; участници: н. с. д-р Д. Таков, техн. пом. Е. Цветанска, 1 ИЗР, 1 докторант, 1 ЛТУ, 1 СУ (ДО-02-251/08)
2009-2011 Нова интегрирана геномна биомаркерна тест система (ИГБТС) при моделни безгръбначни и гръбначни животни за оценка на състоянието за околната среда. Ръководител: ст. н. с. д-р С. Грозева; участници: ст. н. с. I ст. дбн П. Михайлова, ст. н. с. д-р Ц. Часовникарова, ст. н. с. д-р Н. Атанасов, д-р Ю. Илкова, Д. Чобанов, 2 докторанти (ДО 02-259/08)
2009-2010 Ориентация, навигация и наследствена миграционна програма на пойни птици далечни мигранти. Ръководител: н. с. І ст. д-р M. Илиева (DO 02-277/08)
2009-1012 Оценка и управление на инвазията на мидите от род Dreissena във водните басейни в България. Ръководител: ст. н. с. д-р И. Пандурски; участници: ст. н. с. д-р З. Хубенов, ст. н. с. д-р Р. Калчев, ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р М. Бешкова, н. с. д-р С. Стойчев, н. с. д-р А. Апостолу, Т. Тричкова, Я. Пресолска, В. Тюфекчиева, Б. Велков, И. Ботев, В. Евтимова, В. Ненова, Р. Цветкова, Л. Цветков, Х. Калчева 1 ГИ-БАН (ДО 02-283/08)
2009-2011 Биологични подходи за борба със сивия царевичен хоботник Tanymecus dilaticollis Gyllеnhal, 1834 (Coleoptera Curculionidae). Ръководител: н. с. д-р T. Toшoвa; участници: н. с. д-р Д. Таков, Д. Чобанов (ДO 02-335/08)
2009-2010 Уеднаквяване на подходите за зоомониторинг във високо-планински екосистеми в България и Словакия с използване на съобщества от мониторни видове дребни бозайници. Ръководител: н. с. д-р K. Димитров; участници: ст. н. с. д-р М. Топашка, ст. н. с. д-р Р. Мечева, н. с. д-р М. Недялкова, Ц. Герасимова (БГ-СK-212)
2009-2011 Развитие на научния потенциал в областта на фаунистичното разнообразие и опазване на природната среда. Ръководител: ст. н. с. д-р Х. Делчев, координатор за ИЗ: н. с. д-р К. Димитров, участници: докторанти и млади учени от ИЗ (Европейски социален фонд по ОП 'Развитие на човешките ресурси', програма 'Подкрепа за развитието на докторанти, постдокторанти, специализанти и млади учени', No. 42/09)
III. Проекти, финансирани по договори с министерства, ведомства и фирми от страната. Задачи по договори, сключени с външни възложители
2004-2008 Разработка на 'Червена книга на Република България' Том II 'Животни'. Ръководител: акад. дбн В. Големански; участници: ст. н. с. І ст. дбн Д. Нанкинов, ст. н. с. д-р Х. Делчев, ст. н. с. д-р З. Хубенов, ст. н. с. д-р И. Пандурски, ст. н. с. д-р В. Попов, ст. н. с. д-р Б. Иванов, н. с. д-р Д. Добрев, н. с. д-р П. Зехтинджиев, н. с. д-р П. Шурулинков, Т. Тричкова, Я. Пресолска, Н. Караиванов, н. с. д-р Б. Николов, Д. Чобанов + 7 НПНМ-БАН (МОСВ)
2005-2006, 2008-2009 НАТУРА 2000 (безгръбначни животни) Координатор от ИЗ: ст. н. с. д-р Х. Делчев; участници: ст. н. с. д-р З. Хубенов, н. с. д-р Д. Добрев (МОСВ)
2007-2010 Биологични и екологични изследвания на копитните и едрите хищни бозайници в Витоша и Родопите с цел тяхното стопанисване, с подзадачи. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн П. Генов (МЗГ)
2007-2010 Екологични оценки, мониторинг и експертизи с подзадачи. Ръководител: биолог Н. Караиванов (частни фирми)
2006-2009 Генетичен анализ на проби от кафява мечка от България и Балканския полуостров. Ръководител: н. с. д-р К. Димитров; участници: Ц. Герасимова (сдп 'Балкани')
IV. Проекти, финансирани по договори и програми на ЕС, НАТО, ЮНЕСКО и др. международни организации
2005-2009 Молекулярно разнообразие на амебовидни протисти. Ръководител: акад. В. Големански; участници: ст. н. с. д-р М. Тодоров (SNSF/SCOPES, No. IB73АО-111064/1)
2008-2009 Естествен и инвазивен ареал на видовете от род Dreissena - съвременни познания, методика и бъдещи изследвания Ръководител: биолог Т. Тричкова; участници: ст. н. с. д-р З. Хубенов, И. Ботев (Austrian Federal Ministry of Science and Research, ASO 4-08-2008)
V. Проекти по ЕБР и в рамките на междуакадемично и междуинститутско сътрудничество
2007-2010 Екологични изследвания на насекоми (дървеници, твърдокрили). Ръководител: ст. н. с. дбн П. Калушков; участници: Р. Цанкова (АН на Р. Чехия).
2007-2009 Регионални и глобални закономерности в кръвните паразити на домашното врабче (съпоставка на традиционните и молекулярни данни). Ръководител: н. с. д-р П. Зехтинджиев; участници: н. с. д-р М. Илиева, докторант Д. Димитров (Вилнюски у-т, Литва)
2001-2009 Полови феромони на Procridinae (Lepidoptera: Zygaenidae)'. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев; участници: н. с. д-р Т. Тошова, 1 КМУ, Украина. (Кримски мед. университет, Украйна)
2008-2009 Идентификация, синтез и биологична активност на нови феромони при насекоми. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев; участници: н. с. д-р Т. Тошова, 1 от ХУ, Германия. (ИОХ, Хамбургски университет, Германия)
2008-2010 Изследвания върху биологията, статуса като вредител и подобряването на методите за борба на лозовата пъстрянка, Theresimima ampellophaga (Bayle-Barelle, 1808) (Lepidoptera: Zygaenidae) чрез използване на феромонни ловилки в Източния средиземноморски район на Турция. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев; участници: н. с. д-р Т. Тошова (Университет "Мустафа Кемал", Антакия, Турция)
2007-2009 Полови феромони при вредни пеперуди и бръмбари (Lepidoptera, Coleoptera). Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев; участници: н. с. д-р Т. Тошова (УАН)
2008-2010 Оценка на химично замърсяване и някои турски и български реки чрез геномни и биохимични изследвания на Chironimidae, Diptera. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн д-р П. Михайлова; участници: д-р Ю. Илкова (Университета в Анкара, TUBITAK)
2009-2011 Сравнителни популационно-цитотаксономични изследвания и реакция на генома при стрес условия на насекоми от Diptera и Orthoptera от Полша и България. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн д-р П. Михайлова; участници: д-р Ю. Илкова, Д. Чобанов (ИСЕЖ, Краков, ПАН)
2001-2010 Каталогизация, оценка и мониторинг на паяците (Araneae) в Македония. Ръководител: ст. н. с. д-р Х. Делчев; участници: н. с. д-р С. Лазаров (ПНМ, Скопие)
2005-2009 Влияние на кръвните паразити (Haematozoa) върху мигриращите тръстикови дроздове (Acrocephalus arundinaceus). Ръководител: н. с. д-р П. Зехтинджиев; участници: н. с. д-р М. Илиева, докторант Д. Димитров (Университет в гр. Лунд, Швеция)
2007-2009 Биоразнообразие и географска изменчивост на съвременни представители от бозайната фауна на България и Унгария. Ръководител: ст. н. с. дбн Г. Марков; участници: М. Господинова, М. Кочева, Е. Михайлова, 3 УАН (Университет 'Сейнт Ищван', Будапеща, Унгария)
2008 - 2010 Структурна и функционална характеристика на съобщества от някои групи водно-въздушни насекоми (Insecta, Ephemeroptera, Plecoptera, Trichoptera) в български черноморски притоци: критичен преглед на фаунистични, екологични и биогеографски данни. Ръководител: биолог Я. Видинова; участници: В. Тюфекчиева (Природонаучен музей, НАНУ, Украйна)
2008-2009 Изследване биологията на микроспоридии и оценка на потенциала им за биологичен контрол на гъботворката. Ръководител: ст. н. с. д-р Д. Пиларска (Univ. оf Illinois, USA)
2007-2010 Мониторинг на внасянето на микробиални антагонисти в популации на гъботворката (Lymantria dispar L) в България и лабораторни изследвания на начина им на предаване. Ръководител: ст. н. с. д-р Д. Пиларска; участници: н. с. І ст. д-р Д. Таков, техн. пом. Е. Цветанска (DFG Германия, У-т по прил. науки, Еберсвалде)
2008-2010 Изследване миграциите на птиците във връзка с разпространението на птичия грип. Ръководител: ст. н. с. І ст. дбн Д. Нанкинов; участници: н. с. д-р Б. Николов, н. с. д-р С. Далакчиева (РАН)
2009-2011 Развитие на изследванията на геномните ресурси на благородния елен в Югоизточна Европа. Ръководител: ст. н. с. дбн Г. Марков; участници: М. Господинова, М. Кочева, Е. Михайлова (РАН)
2009-2011 Използване на цитогенетични маркери за изучаване еволюцията, систематиката и филогенията на полутвърдокрили от инфраразред Cimicomorpha (Heteroptera). Ръководител: ст. н. с. д-р С. Грозева; участници: 1НПНМ и 2 ЗИ-РАН (РАН)
VI. Проекти, чиято базова организация не е Институтът по зоология
2005-2009 Изследване на подземната повърхностна среда в България: сравнителен анализ на безгръбначната фауната в карстови и силикатни райони. Ръководител: ст. н. с.д-р П. Стоев-НПМ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Х. Делчев, н. с. д-р С. Лазаров (Б-1523/05, ФНИ)
2006-2009 Изследване на ролята на високопланинския карст в България като резервоар за консервационно значими видове. Ръководител: н. с. д-р И. Дедов; участници от ИЗ: н. с. М. Лангуров (Б-1526/05, ФНИ)
2008-2009 Южни Европейски морета: определяне и моделиране на промените в екосистемите (SESAME). Ръководител: ст. н. с. д-р С. Мончева, Институт по океанология БАН; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Р. Калчев (6 РП на ЕС)
2008-2009 Оптимизиране на екологичната мрежа Натура 2000 в България и научни основи за устойчивото й развитие. Ръководител: ст. н. с. д-р В. Бисерков, ЦЛОЕ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Василев, д-р А. Апостолу (МОСВ)
2003-2009 Екологичен мониторинг на биосферен резерват "Сребърна" с оглед контролиране състоянието му и научно обосноваване на управленски решения Ръководител: ст н. с. II ст д-р В. Василев, ЦЛОЕ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Р. Калчев, н. с. д-р М. Бешкова, Х. Калчева (МОСВ)
2005-2009 Управление, защита и обогатяване на рибната фауна на р. Места. Ръководител: Dr E. Koutrakis & Dr G. Sylaios NAGREF-FRI Kavala, Greece; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Василев, д-р А. Апостолу, Т. Тричкова. (NAGREF-FRI, INTERREG III - PHARE CBC Greece-Bulgaria Program)
2005-2009 Аминофосфонови киселини - дизайн, синтез и биологична активност. Ръководител: доц. Е. Найденова, ХТУ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Топашка, Ц. Герасимова (ВУ-916/05, ФНИ)
2007-2009 Ловен сокол (Falco cherrug) от Югоизточна Европа - изследване и консервация. Ръководител: Д. Рагьов, ЦЛОЕ; участници от ИЗ Й. Кошев (IWC, UK)
2007-2009 Подобряване и разширяване на приложението на Европейския рибен индекс (EFI+). Ръководител: Prof. Battes Klaus Werner; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Василев, Т. Тричкова (6РП на ЕС Университета в Бакау, Румъния)
2006-2009 Проучване върху листоминиращите насекоми от разред Lepidoptera в България. Ръководител: доц. Р. Томов (ВЛТУ); участници от ИЗ: ст. н. с. І ст. дбн М. Събчев
2008-2009 Екологични особености на интродуцирания вид Lepomis gibbosus L. от малки водоеми в речната тераса на р. Вит и неговите взаимоотношения с местната ихтиофауна. Ръководител: гл. ас. д-р Елиза Узунова, СУ-БФ; участници от ИЗ: Б. Велков (Университетски фонд Научни изследвания)
2007-2009 Мониторинг на състоянието на р. Яденица и р. Юндолска съгласно решение на ВЕЕС на МОСВ. Ръководител: доц. Росица Николаева УАСГ, София; участници от ИЗ: Я. Видинова, В. Тюфекчиева (УАСГ/Хидроелектроинвест НЕК, ЕАД)
2005-2016 "11 годишен мониторинг при строежа и експлоатацията на каскада от девет МВЕЦ-а - Среден Искър". Ръководител: доц. д-р Росица Николаева УАСГ, София; участници от ИЗ: Л. Кендеров (УАСГ / ОВОС-Николаева ЕООД)
2006-2009 Консервационно значими видове Micromammalia в ПП 'Странджа'- оценка на генетичното им разнообразие чрез разработване на моделна система от методи и подходи. Ръководител: Проф. Д. Митев, ПУ; участници от ИЗ: ст. н. с. дбн Г. Марков, ст. н. с. д-р Ц. Часовникарова, ст. н. с. д-р Н. Атанасов (ВУ-Б-5/05, ФНИ)
2008-2010 Особености на размножаването и специализация към гостоприемника при горчивката Rhodeus amarus. Ръководител: Dr Carl Smith & Dr Martin Reichard; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р А. Апостолу, Т. Тричкова (The Leverhulme Trust, University of Leicester, UK, IBV-ASCR)
2008-2009 Научно обоснован подход за изучаване на функциите и ползите от влажните зони, обусловени от тяхното биоразнообразие, с цел подобряване на управлението им. Ръководител: Doc. Dr. Thomas Hein Wasser Cluster Lunz; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Р. Калчев, ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р М. Бешкова, н. с. д-р С. Стойчев, н. с. д-р А. Апостолу, Т. Тричкова, Я. Пресолска, В. Тюфекчиева, Б. Велков, И. Ботев, Р. Цветкова, Х. Калчева (Austrian Federal Ministry of Science and Research ASO Project No. 4-25-2008)
2009-2010 Сравнителна популационна генетика на морски и сладководни ракообразни от България. Ръководител: н. с. І ст. д-р Соня Узунова, ИРР-Варна; участници от ИЗ: Л. Кендеров (ФНИ-ДААД, ИРР-Варна/Университета в Регенсбург, Германия)
2008-2010 Разработване на механизъм за студентска практика по оценка на екологичното състояние на повърхностни течащи води. Ръководител: доц. д-р Михаил Михайлов, Югозападен У-т 'Неофит Рилски'; участници от ИЗ: Я. Видинова, В. Тюфекчиева, н. с. д-р Ст. Стойчев (Европейски социален фонд, ОП 'Развитие на човешките ресурси')
2008-2009 Оценка на консервационно значими горски съобщества в Бeласица (България, Македония) на базата на индикаторни групи безгръбначни животни. Ръководител: н. с. Б. Георгиев НПНМ; участници от ИЗ: Е. Чехларов (БМ 1077, ФНИ)
2004-2009 Разработка на 'Червена книга на Република България' Том III 'Хабитати'. Ръководител: ст. н. с. д-р Н. Чипев ЦЛОЕ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р И. Пандурски (МОСВ)
2009-2012 Биологично разнообразие на водните eкосистеми във влажните зони в заливната тераса на Долен Дунав с оглед оптимизиране на екосистемните функции в условията на климатични промени. Ръководител: ст. н. с. д-р Л. Пехливанов ЦЛОЕ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Р. Калчев, ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р М. Бешкова, н. с. д-р А. Апостолу, Я. Пресолска, В. Тюфекчиева, Б. Велков, Х. Калчева (ДО-02-352/09)
2009-2011 Биологична оценка на последствията от уранодобива в района на находище Сенокос: модел за биологичен мониторинг на територии, повлияни от уранодобив. Ръководител: доц. д-р В. Богоев; участници от ИЗ: н. с. д-р К. Димитров, ст. н. с. д-р М. Топашка, ст. н. с. д-р Р. Мечева, Ц. Герасимова (ДВУ 01/0163, ФНИ)
2009-2011 Въздействие на ентомопатогенната гъба Entomophaga maimaiga Humber, Shimauzu & Soper върху популацията на гъботворката Lymantria dispar (Linnaeus) и биологичното разнообразие на ентомофауната в дъбовите гори на България. Ръководител: ст. н. с. I ст. дбн Г. Георгиев; участници от ИЗ: акад. В. Големански, ст. н. с. д-р Д. Пиларска, ст. н. с. д-р М. Тодоров, н. с. д-р Д. Таков, Е. Цветанска (ДО 02-282/08, фни)
2009-2011 Чуждоземни сухоземни членестоноги и тяхното значение за биоразнообразието на България. Ръководител: ст. н. с. д-р Р. Томов; участници от ИЗ: Акад. дбн В. Големански, ст. н. с. д-р Д. Пиларска, н. с. д-р Д. Таков (ДО 02-191/08, фни)
2008-2009 Влияние на трафика по автомагистрала 'Тракия' в участъка между Пазарджик и Пловдив върху биологичното разнообразие. Ръководител: н. с. ІІ ст. д-р Н. Камбурова (ЦЛОЕ, БАН); участници от ИЗ: Й. Кошев (MУ 01-0127/08, ФНИ)
2008-2009 Оценка на влиянието на ски пистите в Национален парк Пирин върху биоразнообразието на моделни групи организми Ръководител: н. с. І ст. д-р С. Николов (ЦЛОЕ, БАН); участници от ИЗ: Й. Кошев (MУ 01-0001, Д0 02-270/08, ФНИ)
2009-2011 CEBDER - Изграждане на Национален център за върхови научни постижения в областта на биоразнообразието и екосистемните изследвания; координатор: дбн Б. Б. Георгиев; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р Хр. Делчев, н. с. д-р K. Димитров, ст. н. с. д-р М. Тодоров, ст. н. с. д-р В. Попов; финансиран от ФНИ (Изследователска инфраструктура) (ДO 02-15/09)
2008-2010 Биология, екология и контрол на инвазивните чужди видове в българската флора. Ръководител: ст. н. с. д-р A. Петрова, Институт по ботаника; участници от ИЗ: н. с. д-р Т. Любомиров (DO 02-194/08, ФНИ)
2009 Екологично моделиране на водопречиствателните процеси в критични зони от горното поречие на р. Искър. Ръководител: доц. д-р Яна Топалова СУ БФ; участници от ИЗ: Л. Кендеров (ФНИ-НИС СУ)
2007-2010 Оценка на качествени и количествени показатели в организма на дребни бозайници от райони с различно антропогенно въздействие в България и Мексико. задача: Вариантно изследване влиянието на клиноптилолитов сорбент (KLS-10В/M) и олово в условията на еко-токсикологичен експеримент с лабораторни бели мишки - линия Balb/c. Ръководител: МинералАгро ООД; участници от ИЗ: н. с. д-р М Недялкова, ст. н. с. д-р Р. Мечева, ст. н. с. д-р М. Топашка, Цв. Герасимова (МинералАгро ООД)
Дейности по изпълнение на Рамковата директива за водите на ЕС в България, възложител БД ЗБД - МОСВ; участници от ИЗ: ст. н. с. д-р М. Василев, н. с. д-р А. Апостолу, Я. Видинова, В. Тюфекчиева, Т. Тричкова, Б. Велков, Л. Кендеров:
2009 Определяне праговете на замърсяване на подземните води и разработване на класификационна система за химичното състояние на подземните водни тела. доц. д-р Павел Пенчев, Минно Геоложки Университет (МГУ - МОСВ, ОП 'Околна Среда' Ос I Води)
2009 Оценка на хидроморфологичното състояние, включително твърдия отток на повърхностните тела. доц. д-р Димитър Кисляков, УАСГ, София, УАСГ - МОСВ, ОП 'Околна Среда'
Определяне на референтни условия и максимален екологичен потенциал за типовете повърхностни води (реки и езера) на територията на РБългария. ст. н. с. д-р Л. Пехливанов, ЦЛОЕ- МОСВ, ОП 'Околна Среда'
Разработване на класификационна система за оценка на екологичното състояние и екологичния потенциал на определените типове повърхностни води (реки и езера) на територията на РБългария (на база на типология по система 'Б') Светослав Чешмеджиев, Си Еко Консулт (Си Еко Консулт - МОСВ, ОП 'Околна Среда')
Разработване на национален каталог от мерки и на програми за подобряване, опазване и поддържане на състоянието на водните тела в Черноморски басейнов район и Дунавски басейнов район доц. д-р инж. Димитър Тошев, УАСГ (УАСГ - МОСВ, ОП 'Околна Среда')