Понастоящем Институтът по зоология публикува следните научни издания:
•
Acta zoologica bulgarica — списание с три книжки годишно, отпечатвани регулярно през месеците април, август и декември. Публикува се на английски език и се разпространява в България и в чужбина. Списанието се реферира от 23 международни реферативни журнала;
•
Фауна на България — поредица, от която досега са публикувани 28 тома върху различни таксономични групи животни от българската водна и сухоземна фауна;
•
Catalogus faunae bulgaricae — поредица, от която досега са публикувани 6 тома на английски език върху различни таксономични групи;
• Bird Ringing Bulletin — поредица, от която досега са публикувани 11 тома;
• Bulgarian Antarctic Research. Life Sciences — поредица, от която досега са публикувани 5 тома.
Освен това Институтът по зоология е публикувал 21 сборници с научни статии и доклади от конференции, 26 монографии, учебници, книги и др., както и пет библиографии на български зоолози.
През различни етапи от своето развитие Институтът е издавал следните поредици:
• Известия на Зоологическия институт при БАН. София, БАН - от 1951 до 1960 г., т. 1-9;
• Известия на Зоологическия институт с музей. София, БАН - от 1961 до 1974 г., т. 10-41;
• Хидробиология. София, БАН - от 1975 до 1996 г., т. 1-40;
• Екология. София, БАН - от 1975 до 1994 г., т. 1-26;
• Орнитологически информационен бюлетин. София, БАН - от 1977 до 1988 г., кн. 1-24;
• Трудове на Института по зоология. София, БАН - от 1950 до 1960 г., т. 1-8.
В последните години Институтът се представя с най-голяма по обем научна продукция в сравнение с останалите 16 биологични звена в БАН. Например за 2005 г. има 220 научни публикации (126 издадени и 94 приети за печат), от тях в международни научни списания - 54 научни статии. За периода 2000-2005 г., т.е. за пет години, научните резултати на Института са цитирани 2196 пъти (973 - у нас и 1223 - в чужбина).